Actualmente solo conocemos la existencia de dos tipos de hipopótamo: el común (Hippopotamus amphibius) y el pigmeo (Choeropsis liberiensis).
Tiempo atrás existieron tres hipopótamos que habitaron la isla de Madagascar durante el período del Holoceno. Los restos fósiles indican que se trataba de ejemplares de menor tamaño que los de hoy en día y que fueron cazados en grandes números por los seres humanos. Uno de ellos es el Malagasy hippopotamus del que se conservan varias piezas óseas que han ayudado a conocer su tamaño real. Hippopotamus lemerlei y Hippopotamus laloumena son los dos restantes, de los cuales se conservan los cráneos.
Estos representantes de Madagascar medían 75 cm de alto por 2 m de longitud pero no fueron relacionados con los hipopótamos pigmeos, sino según los estudios redujeron su tamaño anatómico a través de un proceso de enanismo insular, es decir, un proceso de adaptación que se adecúa a la limitación de recursos disponibles en su entorno.
Algunos de sus ancestros vivieron en parte de África y Medio Oriente hace millones de años.
Archaeopotamus es un género extinto de donde se derivan las especies Archaeopotamus lothagamensis y Archaeopotamus harvardi que vivieron en parte de África y Medio Oriente hace millones de años.
El género Hippopotamus, al cual pertenece el hipopótamo común, incluye otras especies que ya están extintas, como por ejemplo el hipopótamo europeo (Hippopotamus antiquus) que vivió hasta antes de la última glaciación del Pleistoceno y se cree que era de mayor tamaño que el representante común de nuestros días.
El Hippopotamus gorgops era nativo de África hasta que emigró a regiones europeas y finalmente desapareció poco antes de la Edad de hielo. Los escasos restos fósiles hallados determinan que se trataba de un mamífero de casi 4,000 kilos con dos metros de alto y una longitud de poco más de cuatro metros.
Del Hippopotamus major se conservan actualmente algunos cráneos y están expuestos en el Museo de Historia Natural de Paris, así como en el Museo paleontológico de Montevarchi en Italia. Las investigaciones determinaron que vivió en la era del Pleistoceno en parte de Europa. Hippopotamus melitensis vivió en Malta también durante el Pleistoceno.
Hippopotamus gorgops se trataba de un mamífero de casi 4,000 kilos.
En islas del Mediterráneo se localizaron piezas óseas de hipopótamos pequeños como el hipopótamo enano de Chipre (Hippopotamus minor), el de Creta (Hippopotamus creutzburgi), el de Sicilia (Hippopotamus pentlandi) y el de Malta (Hippopotamus melitensis). De todos ellos, solo el H. minor sobrevivió a inicios del Holoceno, mientras los demás se extinguieron antes.
No se consideran hipopótamos pigmeos sino enanos, ya que genéticamente no se ha encontrado relación con los pigmeos, pero se dice que por cuestiones adaptativas redujeron su tamaño corporal y es por ello que suelen confundirse científicamente.
¿Cuántas piezas dentales o estructuras craneales habrán debajo de la tierra sin ser aún descubiertos? ¿Cuántos enigmas guarda la historia evolutiva de los hipopótamos? Esto solamente el tiempo lo dirá y dentro de algunos años los datos científicos que se tienen podrían dar un giro inesperado, pero hasta hoy en día se afirma que estos animales estuvieron representados por múltiples especies que no lograron sobrevivir a los cambios climáticos de la tierra o a la depredación.